Program Studi Studi Islam (SI) di lingkungan Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam, UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, hadir sebagai program rintisan di jajaran Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri. Secara historis, program studi serupa di Indonesia baru pernah didirikan pada tahun 2017 di Universitas Nahdhatul Ulama (UNU) Yogyakarta. Inisiatif pembukaan prodi ini dilatarbelakangi oleh kebutuhan akademik untuk memfasilitasi paradigma keilmuan yang berbasis integrasi-interkoneksi, sebagaimana diamanatkan dalam Peraturan Menteri Agama (PMA) No. 33 Tahun 2016. Lebih jauh, prodi ini dirancang secara khusus sebagai arah baru bagi keilmuan Studi Islam di Indonesia yang sebelumnya masih sangat bertumpu pada pendekatan scientific-cum-doctrinaire agar mampu merespons berbagai kompleksitas tantangan di era disrupsi, arus globalisasi, serta pesatnya kemajuan teknologi yang secara langsung memengaruhi dinamika keagamaan masyarakat Muslim modern.

       Secara kelembagaan, Program Studi SII mengusung visi untuk menjadi program studi yang unggul dan terkemuka dalam pemaduan serta pengembangan studi Islam interdisipliner demi kemajuan peradaban. Keunggulan utama sekaligus distingsi prodi ini dibandingkan program studi lain di fakultasnya terletak pada penekanannya yang kuat pada aspek epistemologis dan metodologis interdisipliner. Melalui kerangka kerja tersebut, disiplin Studi Islam dikolaborasikan secara erat dengan berbagai cabang ilmu sosial dan humaniora guna menghasilkan pembacaan dan analisis yang jauh lebih komprehensif terhadap teks, lintasan sejarah, hingga konteks realitas sosial keagamaan masyarakat.

       Dalam upaya mencetak sumber daya manusia yang berkualitas, struktur dan kurikulum prodi ini membidik tiga profil kelulusan utama. Kompetensi utamanya dirancang untuk melahirkan akademisi mumpuni di bidang Studi Islam interdisipliner yang bertanggung jawab dalam membangun serta memelihara tradisi riset akademik. Selanjutnya, kompetensi pendukung yang ditargetkan adalah mencetak lulusan sebagai pengamat, peneliti, dan analis kebijakan terkait isu-isu agama Islam di Indonesia yang dibekali penguasaan metodologi penelitian dan analisis data tingkat lanjut. Terakhir, sebagai kompetensi pilihan, para lulusan juga dipersiapkan untuk berkiprah sebagai aktivis atau pegiat sosial keagamaan pada Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM), berbekal keahlian manajemen organisasi serta komitmen teguh untuk mengembangkan kehidupan beragama yang inklusif, toleran, dan damai di tengah masyarakat.